Планетарная модель атома не могла также объяснить поразительное сходство различных атомов одного и того же химического элемента: опыт показывает, что эти атомы похожи друг на друга значительно больше, чем братья-близнецы.
Согласно же планетарной модели атома каждый атом должен был бы быть единственным в своем роде: ведь согласно классической механике каждый электрон может двигаться по любой из бесконечного множества орбит - подобно планетам, движущимся вокруг Солнца. Значит, должно было бы наблюдаться бесконечное разнообразие атомов одного и того же химического элемента. Но ничего подобного в природе не наблюдается. Все атомы водорода одинаковы, так же как одинаковы все атомы кислорода или атомы золота.